Entre le 5ème et 6ème siècles, des luttes fratricides eurent pour conséquences une alternance continue du pouvoir entre les Cinghalais et les Tamouls. En 982, les Cholas s’emparèrent à nouveau de la ville, la saccagèrent et l’île devint simplement une des provinces de leur royaume. Commença alors la seule période où le pays fut contrôlé par l’Inde, une période qui dura 75 ans. La capitale fut alors déménagé à Polonnaruwa et les statues de bouddha furent fondues pour construire des temples hindous. Cependant en 1070, les Cholas finirent par abdiquer face aux cinghalais et quittèrent l’île pour ne plus jamais y revenir. La capitale demeura Polonnnaruwa car sa position permettait de mieux lutter contre les invasions indiennes. Ce fut à cette époque qu’on construisit l’Atadage, destiné à recevoir la précieuse relique de la dent de Bouddha. Malheureusement, au début du 13ième siècle, la ville commença à décliner.